パートナーのYです。
Ebay での支払いのやり取りがManaged Paymentsに移行しました。
Buyerへの（部分）返金が必要になった場合、今まではPayPalにログインして該当オーダーの支払い記録を見つけ出し、そこからRefund処理をしていましたが、これがどうなるのか、Ebay画面上で探してみました。
以下の流れになるようです。まず、Ebayの該当オーダーを見つけます。そして、右上のプルダウンから、Send Refund を選びます。
次の画面が現れますので、Refund理由を選ぶ処理に進みます。
理由の選択は以下のものから選びます。元に戻って、Refund金額を入力し、「Review Refund」 から実行に進みます。
なお、何かの理由により（Case化など）、Refundできない状態になっている時は、最初の画面の選択肢に現れてこないようです。